Time tree herunterladen

Die molekularen Zeitschätzungen in Timetree stellen eine Synthese veröffentlichter Zeitschätzungen dar, die aus wissenschaftlicher Literatur stammen. Eine detaillierte Beschreibung der Abgeleiteten von Zeitschätzungen finden Sie in Hedges et al. (2015) Kumar S, Stecher G, Suleski M, Hedges SB (2017) TimeTree: A Resource for Timelines, Timetrees, and Divergence Times. Mol Biol Evol doi:10.1093/molbev/msx116Hedges SB, Marin J, Suleski M, Paymer M & Kumar S (2015) Tree of Life Reveals Clock-Like Speciation and Diversification. Mol Biol Evol 32: 835-845.Kumar S & Hedges SB (2011) TimeTree2: Artenabweichungen zeiten auf dem iPhone. Bioinformatik 27:2023-2024.Hedges SB, Dudley J, & Kumar S (2006). TimeTree: Eine öffentliche Wissensbasis der Divergenzzeiten zwischen Organismen. Bioinformatik 22: 2971-2972. [Notizen teilen] Der Notes-Bereich, um Dinge wie dinge zu teilen, die jedes Mitglied sehen kann, ohne es auf ein bestimmtes Datum oder eine bestimmte Uhrzeit zu setzen. Für molekulare Zeitschätzungen, die aus >= 5 Zeitschätzungen aus der wissenschaftlichen Literatur abgeleitet werden, wird eine t-Verteilung verwendet, um ein Konfidenzintervall für die molekulare Zeitschätzung zu berechnen. Wenn zwischen 2 und 4 Zeitschätzungen aus der wissenschaftlichen Literatur verwendet werden, um eine molekulare Zeitschätzung zu berechnen, wird anstelle eines Konfidenzintervalls ein Bereich (min und max.

Zeitschätzungen) bereitgestellt. Wenn nur eine Zeitschätzung aus der wissenschaftlichen Literatur zur Verfügung steht, wird kein Bereich oder Konfidenzintervall zur Verfügung gestellt. Es gibt viele Methoden der Zeitschätzung und viele Optionen, die mit jeder Methode verwendet werden können. Zwei Studien mit identischen Daten, Kalibrierungen und der Verwendung derselben Software, können je nach Verwendeter der Software unterschiedliche Zeitschätzungen ergeben. Wenn Sie Fragen zu solchen Details haben, ist es ratsam, sich auf die Originalstudien zu beziehen. Details zur Erfassung von Zeitbaumdaten, deren Standardisierung und der Montage eines globalen Zeitbaums (Timetree of Life, TTOL) auf Basis einzelner Zeitbäume finden Sie in Hedges et al. (2015). Bei dieser Methode werden Zeitbäume und Divergenzdaten aus einzelnen Studien einem konservativen Führungsbaum zugeordnet, der im NCBI-Taxonomie-Browser verfügbar ist, und diese Zeiten werden verwendet, um Polytomien aufzulösen und Knotenzeiten im TTOL abzuleiten.

Diese Methode wertet auch die Unterstützung für jede resultierende Auflösung aus, indem die Anzahl der Timetree-Topologien in der Datenbank untersucht wird, die mit dieser Auflösung übereinstimmen.

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